한편, 조직은 점차 비대해지고 복잡해지기 시작하였다. 기능부서 간의 경계나 조직 간의 경계도 뚜렷해지기 시작하였다. 내부구조는 더욱 복잡해졌고 수직적이며 관료적 성향이 강화되기 시작하였다. 리더십은 관리 원칙만을 중요시 여기게 되었고 심지어 전제적 성향까지 보이기 시작하였다. 경영자들 생각하는 일을 주 업무로 인식하기 시작하였고 종업원들은 시키는 단순 반복적인 일을 하는 것으로 여겨졌다. 하지만, 오늘날의 기업 환경은 안정과는 전혀 거리가 멀다. 최근 수년간의 환경적 급변을 통해 경쟁자들은 더 이상 질서와 예측 가능성이라는 환상을 꿈꿀 수 없게 되었다. 혼돈이론은 이러한 사실을 잘 말해준다. 혼돈이론에 따르면 조직은 환경 적응시스템으로서 복잡하고 비선형적인 환경에 노출되고 있다. 이것은 의도하지 않은 결과나 예측 불가능성을 만들어낸다. 따라서 세상은 불확실성으로 가득 차게 되었으며 놀람, 급변, 혼란의 특성들을 보이게 되었다. 경영자들은 더 이상 조직 내부와 외부에서 발생하는 변화를 전통적인 방식으로 측정, 예측하거나 통제할 수 없게 되었다. 그렇다고 혼돈이론이 무질서를 가정하는 것은 아니다. 겉보기에 무질서한 것처럼 보이는 현상들이 사실은 어떤 패턴을 가지고 있다고 한다. 다만, 그 패턴이 시시각각으로 변할 수 있다. 혼돈이론이 주장하는 요점은 조직이란 원활하게 돌아가는 예측 가능한 기계가 아니라는 점이다. 무질서 속에서 패턴을 발생시키는 자연 시스템의 하나로 보아야 한다고 주장한다. 최근 많은 조직들은 수평적인 협력과 광범위한 정보공유가 가능한 유연하면서도 또 분권적인 구조로 전환되고 있다. 이런 현상은 경직되고 하향 지시 일변도였던 미 육군에서도 나타나고 있다. 최근의 전투 상황은 매우 복잡하고 유동적이다. 매우 빠르게 변신하며 움직이는 테러조직에 대응하기 위해서는 중간 장교들이 자신의 상황 속에서 신속한 의사결정을 내릴 필요가 있다. 이럴 경우에는 표준절차를 지킬 수 없는 경우도 발생한다. 영리 또한 비영리조직에서도 유연성과 적응성을 높여야 하는 요구가 크게 증가하였다. 이러한 새로운 환경에 대응하기 위해 경영자들은 학습조직에 관심을 갖기 시작하였다. 학습조직은 의사소통과 수평적 협력을 강조하는 조직이다. 이를 통해 조직의 문제를 파악하고 해결함으로써 조직역량을 향상하고자 한다. 학습조직은 평등, 공개된 정보, 낮은 조직계층, 그리고 조직적 응성과 참여를 강조한다. 새로운 기회를 빠르게 포착하고 조직이 처할 수 있는 위기를 사전에 차단하기 위해서다. 효율성을 위해 설계된 조직(기계적 조직)과 지속적 학습을 중심으로 설계된 조직(학습조직)을 조직설계의 다섯 가지 요소에 비추어 설명하고 있다. 다섯 가지 요소란 조직구조, 직무, 시스템, 조직문화, 그리고 전략을 말한다. 이들 다섯 가지 요소는 모두 상호 연결되어 있으면서 서로에게 영향을 미치게 된다. 전통적 조직구조에서의 조직화 방식은 공통적이거나 유사한 직무를 아래에서 위로 올라가면서 묶어주는 방식을 사용한다. 이렇게 생겨난 묶음들이 기능이며 그래서 기능식 조직이라고 부른다. 기능식 조직은 다른 기능과의 관계를 고려하지 않고 오로지 개개 기능에 충실하게 상향으로 조직화되는 특징이 있다. 의사결정은 상층부 중심으로 이루어지며 수직적 명령에 의해 조정되고 통제되는 특징을 갖는다. 기능식 구조는 몇 가지 점에서 효과적이다. 먼저 유사한 직무의 묶음과 수직적 계층구조로 인해 효율성이 높아진다. 또한, 동일 기능이 한 곳에 모여 있으므로 깊이 있는 기능 지식의 습득이 가능해진다. 권한 계층이 자연스럽게 형성되어 감독과 통제에 유리하다. 그러나 급속하게 변하는 환경에서는 기능식 조직은 문제를 일으킨다. 기능 간 수평적 협력이 어려워지며 상층으로 정보가 과중하게 쏠리는 현상이 발생한다. 이로 인해 경영층은 새로운 문제나 기회에 신속하게 대응하기가 어려워진다. 학습조직에서는 경영층과 기술 핵 근로자 간의 수직적 계층 거리를 가능한 최소화 하려고 노력한다. 조직구조는 부서의 기능보다는 수평적으로 흘러가는 업무 프로세스를 중심으로 편성된다. 재무부서나 인적자원관리부서와 같은 전통적인 지원 기능을 담당하는 소수 부서를 제외하고 다른 수직 계층은 가급적 수평적으로 구성하려고 노력한다. 자율관리 팀이 학습조직에서는 기본 단위가 된다. 이들 팀에는 여러 기능 분야의 종업원이 함께 일하게 됨에 따라 기능별 경계가 사라진다.
